बाबा बालक नाथ के 'सिद्ध-पुरुष' के रूप में जन्म के बारे में सबसे लोकप्रिय कहानी भगवान शिव की अमर कथा से जुड़ी है। ऐसा कहा जाता है कि भगवान शिव अमरनाथ की गुफा में देवी पार्वती के साथ अमर कथा साझा कर रहे थे और देवी पार्वती सो गईं। गुफा में एक तोता का बच्चा था और वह पूरी कहानी सुन रहा था और 'हां' का शोर कर रहा था। ' ("हम्म..")। जब कथा समाप्त हुई तो भगवान शिव ने देवी पार्वती को सोता हुआ पाया और वे समझ गए कि किसी और ने कथा सुनी है। वह बहुत क्रोधित हुआ और उन्होंने अपना त्रिशूल तोते के बच्चे पर फेंक दिया। तोता अपनी जान बचाने के लिए वहां से भाग निकला और त्रिशूल उसके पीछे हो लिया। रास्ते में ऋषि व्यास की पत्नी जम्हाई ले रही थी। तोता का बच्चा उसके मुंह से उसके पेट में घुस गया। त्रिशूल रुक गया, क्योंकि एक महिला को मारना अधार्मिक था। जब भगवान शिव को यह सब पता चला तो वे भी वहां आए और ऋषि व्यास को अपनी समस्या बताई। ऋषि व्यास ने उनसे कहा कि वह वहीं प्रतीक्षा करे और जैसे ही तोता का बच्चा बाहर आएगा, वह उसे मार सकता है। भगवान शिव बहुत देर तक वहीं खड़े रहे लेकिन तोता का बच्चा बाहर नहीं निकला। जैसे ही भगवान शिव वहां खड़े हुए, पूरा ब्रह्मांड अस्त-व्यस्त हो गया। तब सभी भगवान ऋषि नारद से मिले और उनसे अनुरोध किया कि वे भगवान शिव से दुनिया को बचाने का अनुरोध करें। अमर कथा पहले ही सुन ली थी और इसलिए अब वह अमर हो गया था और अब उसे कोई नहीं मार सकता था। यह सुनकर, भगवान शिव ने तोते के बच्चे को बाहर आने के लिए कहा और बदले में तोते के बच्चे ने उससे वरदान मांगा। भगवान शिव ने उसे स्वीकार कर लिया और बच्चे-तोते ने प्रार्थना की कि जैसे ही वह एक आदमी के रूप में बाहर आएगा, उसी समय जन्म लेने वाले किसी अन्य बच्चे को सभी प्रकार का ज्ञान दिया जाएगा और वह अमर होगा। जैसे ही भगवान शिव ने यह स्वीकार किया, ऋषि व्यास के मुख से एक दिव्य शिशु निकला। उन्होंने भगवान शिव से प्रार्थना की और उनका आशीर्वाद प्राप्त किया। यही दिव्य बालक बाद में सुखदेव मुनि कहलाए। उस समय जन्म लेने वाले अन्य शिशु नौ नाथ और चौरासी सिद्ध के नाम से प्रसिद्ध थे। उनमें से एक थे बाबा बालक नाथ।
बालक के पिता एक जमींदार थे। वह अपने बेटे की प्रभु भक्ति से चिंतित थे । वह उसे विवाह करने के लिए जोर डालते, परन्तु वह तो भगवान् शिव के दर्शनों के प्यासे थे। उन्होंने अपने घर के ऐशो आराम, धन दौलत को छोड़कर विवाह के बन्धनों से मुक्त रहने को कहा। एक रात माता-पिता को सोते हुए छोड़कर वृन्दावन चले गये। वृन्दावन जाकर संसारी कार्यों को छोड़कर एक ग्वाले की गऊंए चराने लगे। वहां उनका काम गऊंए चराना, साधु ब्राह्मणों और गरीबों की सेवा तथा रक्षा करना था ।.
कुछ समय बीत जाने के बाद गुरनार पर्वत जूना अखाड़े के महन्त श्री दत्तात्रेय जी अपने शिष्यों के साथ वृन्दावन गये, उन्होंने इस बालक को गऊंए चराते देखा । दत्तात्रेय जी इस बालक को देखकर बहुत हैरान हुये और रुक गये। अपने शिष्यों के पूछने पर - "महाराज आप क्यों रुके” उत्तर मे दत्तात्रेय जी ने कहा यह जो बालक गऊंए चरा रहा है यह केवल ग्वाला ही नहीं एक सिद्ध पुरुष है, जिसकी दुनियां पूजा करेगी। अपने एक शिष्य को भेजकर बालक को अपने [06] पास बुलाया । वेदों और शास्त्रों को जानने वाला बालक सब कुछ जानता था - दत्तात्रेय जी के पास चल पड़ा। बालक दत्तात्रेय के सामने आकर बोला "महाराज मुझे क्यों बुलाया है?" दत्तात्रेय जी ने उनका सारा हाल पूछा। बालक ने अपना सारा हाल कह सुनाया । दत्तात्रेय जी कहने लगे, मैं तुम्हे अपना शिष्य बनाना चाहता हूँ । दत्तात्रेय बालक को लेकर गुरनारपर्वत पर अखाड़े में आकर ब्राह्मणों को बुलाकर गुरु-शिष्य की रस्म दिन वेद मन्त्रों से शुभ और शुभ लग्न में पूर्ण की और उस बालक का नाम बालक नाथ रखा गया। गरीबों, साधुओं, महात्माओं को सन्देश भेजे गये और महायज्ञ किया । .
इस यज्ञ में एक बुढ़िया अपने बच्चे के साथ आ रही थी । रास्ते में एक जंगली राक्षस ने उसके लड़के को शेर बनकर खा लिया। लड़के की मां रोते-रोते दत्तात्रेय के पास आयी । [07] महाराज मेरा इकलौता बेटा यज्ञ में आते समय जंगली राक्षस ने खा लिया है | दत्तात्रेय जी सृष्टि में प्रथम श्रेणी के सिद्ध हुये हैं। वह एक जगह बैठकर सम्पूर्ण सृष्टि को देख सकते थे। उन्होंने अपने शिष्य को बुलाया और उस बुढ़िया के पुत्र को ढूंढने के लिये आज्ञा दी । आज्ञा प्राप्त करते ही सभी शिष्य वन में बालक को ढूंढ़ने के लिये निकल पड़े। परन्तु वह सभी खाली ही वापिस आ गये बालक का कहीं पता न लगा । तब दत्तात्रेय जी ने नये शिष्य (बालक नाथ) को ढूंढ़ने के लिये भेजा। बालक नाथ उसे ढूंढ़ता- ढूंढ़ता पास ही वन में गुफा में पहुंचा और एक साधू को देखता रहा और उस आघोरी महात्मा के पास पहुंचकर नमस्कार किया, "मैं विनती करता हूं कि तुमने जो उस बुढ़िया का बेटा शेर के रूप में खा लिया है, उसे वापिस कर दो।" क्योंकि वह उसका इकलौता बेटा था। बाबा जी भी (नाथ जी) अन्तर्यामी थे । इसलिये यह सभी उन्होंने ईशारे से कहा । अघोरी साधु गुस्से में आ गया और बालक नाथ को वापिस जाने के लिये कहा । "तुम क्या जानों अघोरी क्या चीज है तुमने अघोरी सुने होंगे देखे नहीं । दोनों अपनी अपनी शक्ति दिखाने लगे। काफी समय युद्ध करने के बाद अघोरी साधु (मन चाहा रूप धारण करने वाला) बालक नाथ के चरणों में गिर पड़ा और अपने किये हुये की क्षमा [08] मांगने लगा। अपने योग तप से बुढ़िया के पुत्र को जीवित करके बालक नाथ जी को सौंप दिया जिसे बाबा जी अपने साथ लेकर वापिस गुरु जी के पास पहुंचे। दत्तात्रेय जी बहुत प्रसन्न हुए। माता का लड़का उसे वापिस कर दिया। इसके पश्चात बाबा जी गुरु सेवा में मग्न हो गये ।" .
ऐसा माना जाता है कि बाबाजी कुरुक्षेत्र से बछरेतु महादेव आए थे जहां वे सूर्य ग्रहण के समय संतों के साथ आए थे। तत्पश्चात बाबाजी शाहतलाई आए और "रत्नी माई" से मिले - "द्वापर की बुढ़िया" का प्रतीक, जिसने "महाकौल बाबाजी" का मार्गदर्शन किया था। इस प्रकार बाबाजी को उस बूढ़ी औरत ने "द्वापर युग" में उनके लिए जो कुछ किया था, उसकी भरपाई करनी थी। इसलिए बाबाजी ने ले लिया। रत्नी माई का सबसे असुविधाजनक काम, वह गाय चराना था। बाबाजी ने एक बरगद के पेड़ के नीचे अपना आश्रय बनाया। उन्होंने रत्नी माई से कहा कि वह बरगद के पेड़ के नीचे ध्यान करेंगे और गायों को साथ-साथ चराएंगे। उसने उसे ध्यान के बाद लेने के लिए रोटी और "लस्सी" उसके लिए छोड़ देने को कहा। बाबाजी ने रत्नी माई के साथ तब तक काम करने का वादा किया जब तक वह संतुष्ट रहेंगी। बारह वर्ष तक सब कुछ सुचारू रहा। लोग 12वें वर्ष के अंत तक गायों द्वारा फसल के खेत को नुकसान की शिकायत करने लगे। रत्नी माई ऐसी शिकायतों पर ध्यान नहीं देती थी लेकिन ग्राम प्रधान की शिकायत ने रत्नी माई का सब्र तोड़ दिया और वह बाबाजी को डाँटने लगी। तो बाबाजी रत्नी माई और गाँव के मुखिया को खेत में ले गए और चमत्कारिक रूप से फसलों को कोई नुकसान नहीं हुआ। इस चमत्कार से हर कोई हैरान रह गया। बाबाजी अपने पूजा स्थल पर वापस आए और रत्नी माई से अपनी गायों को वापस लेने के लिए कहा और उन्हें अपने रास्ते जाने दिया। रत्नी माई ने मातृ-स्नेह के कारण बाबाजी को यहीं रहने के लिए मनाने की कोशिश की और उन्हें 12 वर्षों तक रोटी और लस्सी प्रदान करने के बारे में याद दिलाया। बाबाजी ने जवाब दिया कि यह संयोग था और आगे पुष्टि की कि उन्होंने सभी ब्रेड और लस्सी को सुरक्षित रखा था क्योंकि उन्होंने कभी उनका सेवन नहीं किया था। यह कह कर बाबा जी ने अपनी "चिमाता" बरगद के पेड़ के तने पर फेंक दी और 12 साल की रोटियाँ निकल आईं। उसने आगे उसी "चिमाता" को धरती पर मारा और लस्सी का एक झरना तालाब का आकार लेकर निकलने लगा और उस स्थान को "शाहा तलाई" के नाम से जाना जाने लगा। शाहा तलाई से दूर जाने के लिए बाबाजी के रुख पर, रत्नी माई को अपनी अज्ञानता के लिए पश्चाताप हुआ। यह सब देखकर बाबाजी ने रत्नी माई से प्रेमपूर्वक कहा कि वे वनभूमि में पूजा करेंगे और वे वहाँ उनके दर्शन कर सकेंगी। उन्होंने शाह तलाई से लगभग आधा किलोमीटर दूर एक "गरना झारी" (एक कांटेदार झाड़ी) के नीचे अपना "धूना" स्थापित किया। "बरगद के पेड़ के खोखले" के प्रतीक के लिए एक आधा खोखला ढांचा तैयार किया गया है। पास में एक मंदिर है जिसमें बाबा बालक नाथ, गुगा चौहान और नाहर सिंह जी के चित्र हैं। यहाँ की मिट्टी का उपयोग पशु-पादप रोगों के लिए कृमिनाशक के रूप में किया जाता है।
गुरु गोरख नाथ चाहते थे कि बाबाजी उनके संप्रदाय में शामिल हों और उन्होंने ऐसा करने की पूरी कोशिश की.. बाबाजी इसके लिए तैयार नहीं थे। एक दिन गुरु गोरख नाथ ने अपने 300 शिष्यों के साथ बाबाजी से उन्हें बैठने की व्यवस्था करने को कहा। बाबाजी ने अपना तौलिया फैला दिया और आश्चर्यजनक रूप से उसका एक हिस्सा गुरु गोरख नाथ और उनके सभी शिष्यों को समायोजित करने के बाद भी खाली रह गया। तब गोरखनाथ ने बाबाजी को पास की पहाड़ी-बौली से एक कटोरी में थोड़ा पानी लाने को कहा। बाबाजी ने कटोरे में पानी भरकर उसमें कुछ जादू देखा। इस प्रकार उन्होंने गुरु गोरख नाथ की मंशा को समझ लिया। बाबाजी ने उस बाउली को अपनी सीधी से गायब कर दिया और गोरखनाथ को बाउली के न होने के बारे में बताया। गोरखनाथ ने अपने शिष्य भर्तृहरि को इस तथ्य की पुष्टि करने के लिए बाबाजी के साथ चलने को कहा। भर्तृहरि बौली के न होने से अचंभित रह गए। बाबाजी ने भर्तृहरि को तथ्यात्मक स्थिति बताई और "भगवान शिव" की पूजा को त्यागने के लिए गोरख नाथ की नासमझी पर जोर दिया और इसके स्थान पर अपनी पूजा की सिफारिश की। भर्तृहरि सारा खेल समझ गए और भगवान शिव को अपनी भक्ति अर्पित की। इस बार भी बाबाजी बिना पानी पिए ही लौट आए। तब गोरखनाथ ने भैरोंनाथ को जल सहित भर्तृहरि को वापस लाने के लिए भेजा। भैरों नाथ भी पानी को नहीं देख पाए और बिना पानी और भर्तृहरि के खाली हाथ लौट आए। तत्पश्चात गोरखनाथ ने बाबाजी से उन्हें दूध पिलाने को कहा। बाबाजी ने एक दूध न देने वाली बांझ गाय को बुलाकर उसकी पीठ थपथपाई। गाय ने दूध देना शुरू किया और सभी ने दूध लिया। आश्चर्यजनक रूप से कटोरे में अभी भी बहुत सारा दूध था। गोरखनाथ ने अपनी पूजा करने वाली त्वचा को आकाश में फेंक दिया और बाबाजी को पृथ्वी पर वापस लाने के लिए कहा। बाबाजी ने अपनी "चिमाता" से त्वचा को निशाना बनाया और त्वचा के टुकड़े पृथ्वी पर गिर गए। इस पर, बाबाजी ने गोरख नाथ को बाबाजी की "चिमाता" को वापस पृथ्वी पर लाने के लिए प्रलोभित किया। गोरखनाथ ने भैरों से वही करने को कहा, जो भैरों नहीं कर सके।.
बाबा बालक नाथ के बारे में मान्यता है कि वे हर युग (युग) में जन्म लेते हैं। वे सतयुग में "स्कंद" के रूप में, त्रेता में "कौल" के रूप में और द्वापर में "महाकौल" के रूप में प्रकट हुए। द्वापर युग में बाबा बालक नाथ भगवान शिव से मिलने की इच्छा से कैलाश धाम की ओर जा रहे थे। रास्ते में उसकी मुलाकात एक बूढ़ी महिला से हो गई। महिला ने उससे पूछा कि वह कहां जा रहा है। तब बाबा बालक नाथ, जो महाकौल थे, ने उन्हें बताया कि वह पिछले तीन जन्मों से भगवान शिव की पूजा कर रहे हैं, लेकिन उन्हें भगवान शिव की कृपा नहीं मिली थी और इसलिए वे इसी इच्छा के साथ कैलाश धाम की ओर बढ़ रहे थे। बुढ़िया ने बाबा से कहा कि भगवान शिव का सजीव दर्शन होना आसान नहीं है। आपको कुछ असाधारण करना होगा। जब बाबा ने उससे पूछा कि उसे क्या करना चाहिए, तो उसने बताया कि बाबा को मानसरोवर के पास कैलाश की तलहटी में खड़े होकर वहाँ प्रार्थना करनी चाहिए। माता पार्वती कभी-कभी वहां स्नान के लिए आती थीं। जब माता पार्वती वहां आती हैं तो उन्हें अपनी इच्छा पूरी करने के लिए उनसे प्रार्थना करनी चाहिए। माता पार्वती उन्हें कुछ और देने की कोशिश जरूर करेंगी लेकिन उन्हें अपनी इच्छा पर ही जोर देना चाहिए। बाबा बालक नाथ बुढ़िया के साथ बारह घड़ियां खड़े होकर मान सरोवर की ओर चल पड़े। उसने वैसा ही किया जैसा बुढ़िया ने उसे सलाह दी थी और अंत में भगवान शिव ने प्रसन्न होकर उसे कलियुग में परमसिद्ध होने का आशीर्वाद दिया और बालक (युवा) के रूप में रहेगा और उम्र का असर उस पर नहीं पड़ेगा। द्वापर युग के महाकौल का जन्म कलियुग में काठियावाड़ में नारायण विष्णु और लक्ष्मी के घर हुआ था। माता-पिता ने उसका नाम "देव" रखा। देव बचपन से ही काफी धार्मिक थे और वह हर समय प्रार्थना किया करते थे। उसके माता-पिता ने तब उससे शादी करने की कोशिश की ताकि वह घर नहीं छोड़ सके। देव इसके लिए तैयार नहीं थे। जब उन पर शादी का इतना दबाव था तो उन्होंने घर छोड़ दिया और परमसिद्धि की तलाश में गिरनार पर्वत की ओर चल पड़े। जूनागढ़ में उनकी भेंट स्वामी दत्तात्रेय से हुई। यहाँ स्वामी दत्तात्रेय के आश्रम में उन्हें दिव्य ज्ञान प्राप्त हुआ और वे सिद्ध के रूप में अवतरित हुए। जैसा कि भगवान शिव ने उन्हें आशीर्वाद दिया था कि उम्र उन्हें प्रभावित नहीं करेगी, वे एक बच्चे के रूप में बने रहे और "बालक नाथ" कहलाए।